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よくあるご質問・
税務調査 詳細解説

調査の基礎知識から事前対策・調査中・調査後の対応まで、
国税出身30年超の税理士が実務の観点から解説します。

税務調査 詳細解説

税務調査とは何か

税務調査とは、納税義務者の申告内容および納税状況について、税務当局がその適正性を検証するために実施する行政手続の一環です。この手続には、国税通則法第74条の2に基づく「実地の調査」(いわゆる任意調査)が含まれます。

「実地の調査」とは、税務職員が納税者の事業所・事務所・自宅等に赴き、帳簿書類・証憑資料・契約書類・取引先との関係資料などを直接確認することにより、申告内容の適否を実態に即して検証する手続です。

根拠法令:国税通則法 第74条の2(質問検査権)

調査の対象者

法人(法人税・消費税等)にとどまらず、個人事業主・フリーランス(所得税・消費税等)を含むすべての納税者が対象となります。また、国外取引を含む場合には移転価格税制や外国税額控除制度などが調査の焦点となることもあります。

事前通知制度

原則として、実地調査の開始に先立ち、税務署長は「調査開始日時、場所、対象税目、対象期間、調査の趣旨」などを記載した事前通知書を納税者に交付する義務があります。

根拠法令:国税通則法 第74条の9
ただし、仮装・隠ぺいの疑いがある場合、納税者の所在不明等により通知が困難な場合、緊急を要する場合などは、通知が省略されることがあります。

帳簿書類の整備・保存

法定帳簿(仕訳帳、総勘定元帳、売上帳、仕入帳など)は原則7年間(青色申告取消事由等に該当する場合は10年間)の保存義務があります。証憑資料(請求書、領収書、納品書、契約書など)の整備も不可欠です。

  • 電子帳簿保存法への対応(タイムスタンプ・検索機能の確保)
  • スキャナ保存要件・電子取引データ保存要件の遵守
  • 帳簿と証憑の整合性維持

税務申告の精度向上

申告是認率が低い法人は税務当局の注目度が高まります。特に以下の科目は調査対象となりやすい傾向があります。

  • 交際費:支出内容の不明確さ・私的流用の疑い
  • 寄附金・交付金等:損金算入限度額との関係
  • 役員報酬:定期同額要件との整合性

業種別リスク診断

税務署では業種ごとに特有の脱漏リスクや調査重点項目を設定しています。主要業種の注目ポイントは以下の通りです。

業種調査で注目されやすい項目
飲食業現金売上・棚卸資産の除外・架空人件費
建設業外注費の実態、下請との契約書・支払調書の整備
医療業医業未収入金の計上漏れ、院外処方との整合性
不動産業譲渡所得の帰属年度、名義預金の有無

調査立会いと記録

調査官との応対で交わされる質問・回答内容を調査メモ等で記録します。質問検査権(国税通則法第74条の2)には法令上の合理的範囲の制限があり、万一過剰な調査に遭遇した際には専門家を通じて是正を求めます。

調査官が高圧的・威圧的な態度をとる場合も、税務調査は法令に基づく行政手続であり、不適切な誘導や過剰な調査に応じる義務はありません

説明の一貫性を保つ

場当たり的な説明や曖昧な回答は「仮装・隠ぺいの疑いあり」と判断され、重加算税(国税通則法第68条)の対象となる可能性があります。調査官の指摘に対しては、その場で即断せず、顧問税理士と相談する時間を確保します。

  • 不確かなことを断定しない
  • 質問の趣旨を確認してから答える
  • 必要以上に話を広げない
  • 資料に基づいて説明する

反面調査への対応

取引先・金融機関・従業員等への反面調査が実施される場合があります。調査官に対して、反面調査の必要性・方法についての説明を求めるとともに、取引先との関係悪化を回避するために実施方法に配慮を求めることができます。

調査結果の確認と記録

指摘内容が事実と異なっていないかを慎重に確認します。調査官の誤認や論点の行き違いがある場合には、事実関係に基づいて説明・反論します。是正事項一覧表等の内容は可能な限り書面で記録に残すことが重要です。

修正申告の判断

調査官の指摘に全面的に同意せず、争点として継続して対応する判断も可能です。項目ごとにリスクの程度や税額影響を評価し、修正申告すべき項目と争点化すべき項目を切り分けます。

修正申告書への署名・提出は内容を受け入れる行為です。内容を十分理解しないまま署名することは避けてください。

不服申立ての検討

税務署からの更正処分や賦課決定処分に不服がある場合、審査請求・税務訴訟への対応も視野に入れます。法的根拠と事実に基づいた論理的な主張で、過度な是正指導や不要な重加算税の賦課を防ぎます。

根拠法令:国税通則法 第75条(不服申立て)

社内体制の見直し

  • 次年度以降の税務リスク管理計画策定
  • 帳簿作成・証憑保存フローの見直し
  • 原価計算・費用配賦ルールの社内マニュアル化
  • 税理士・経理担当者向け研修の実施

よくあるご質問(全40問)

01調査の基本・対象選定
Q税務調査はどのような流れで行われますか?
通常、税務署からの事前通知(調査対象期間・調査日程など)の後、帳簿、領収書、請求書、通帳、契約書などの確認が行われます。調査日数は事案により異なりますが、一般的には1日から3日程度です。調査終了後には指摘事項の説明があり、必要に応じて修正申告の検討や対応について協議します。
Qなぜ私の会社(または私)が調査対象になったのですか?
税務署は個別の選定理由を公表していません。実務上は次のような事情がある場合に調査対象となることがあります。
  • 業種特性・売上や利益の大きな変動
  • 粗利益率や経費率の異常
  • 消費税還付申告
  • 過去の申告内容との不整合
  • 取引先への反面調査との関係
「何か悪いことをしたから必ず調査に入る」というものではなく、税務署側の資料分析や選定方針によって対象となることがあります。
Q赤字申告が続いていましたが、今期黒字転換しました。調査対象になりますか?
可能性はあります。長年赤字で繰越欠損金がある企業が黒字転換した場合、税務署が過年度を含めて申告内容を確認することがあります。特に、繰越欠損金の額が大きい場合や黒字化の要因が特殊である場合には、売上計上や経費処理の適正性が確認されやすくなります。
Q特別損失を計上した場合、調査対象になりますか?
大きな特別損失を計上した場合、税務署がその内容を確認することがあります。特に、貸倒損失、固定資産売却損・除却損、役員退職金、災害損失などは、毎期恒常的に発生するものではないため、損失計上の事実関係や法的要件を確認する目的で調査対象となることがあります。
Q消費税の還付を受けた場合、調査が入る可能性はありますか?
はい、あります。消費税の還付申告は、税務署が内容を重点的に確認しやすい申告類型の一つです。特に設備投資、不動産取得、輸出取引などにより還付額が多額になる場合には、課税仕入れの内容や課税売上割合、インボイス保存状況などが確認されることがあります。
Q売上や在庫に大きな変動があった場合はどうですか?
売上が増加しているのに粗利益率が大きく低下している場合、在庫金額が前年と比べて大幅に増減している場合、売上や仕入の計上時期に不自然な動きがある場合などは、税務署が数値変動の理由を確認することがあります。
02事前通知・応対義務
Q税務調査には事前通知がありますか?
原則として、税務調査には事前通知があります(国税通則法第74条の9)。通常は電話等で、調査の日時・場所・対象税目・対象期間・目的・対象書類などが通知されます。ただし、例外的に事前通知を行うことで調査の適正な実施が困難になる場合には、事前通知なしで調査が行われることもあります。
Q税務調査には必ず応じなければなりませんか?
税務調査は国税通則法第74条の2(質問検査権)に基づくため、原則として納税者には調査への協力が求められます(いわゆる「受忍義務」)。もっとも、これは無制限に応じなければならないという意味ではありません。日時や場所について合理的な事情があれば調整を申し入れることも可能です。
Q税務調査は突然来ることもありますか?
原則として事前通知がありますが、例外的に無予告で実施されることがあります。証拠隠滅・帳簿改ざんのおそれがある場合や、調査目的の達成が困難になる場合などがこれにあたります。ただし、通常の税務調査の多くは事前通知を経て実施されますので、過度に恐れる必要はありません。
Q調査の日程や場所は変更できますか?
はい、合理的な事情があれば調整を申し入れることができます。ただし、無制限に延期・変更が認められるわけではありません。専門家が介在することで、税務署との日程調整をスムーズに行えます。担当調査官の了解があれば、当事務所において調査を受けることも可能です。
03調査中の対応
Q調査中にどのような対応をすればよいですか?
事実に基づいて、冷静かつ簡潔に説明することが重要です。
  • 不確かなことを断定しない
  • 感情的にならない
  • 必要以上に話を広げない
  • 質問の趣旨を確認してから答える
  • 資料に基づいて説明する
曖昧な説明やその場しのぎの回答は、かえって誤解を招くことがあります。
Q調査官はどこまでの情報を見ますか?
申告内容の適正性を確認するため、通常は総勘定元帳・現金出納帳、領収書・請求書・契約書、通帳・売上資料・在庫資料などが確認対象となります。また、必要がある場合には取引先等に対する反面調査が行われることもあります。
Q「期ずれ」を指摘されることがありますか?
はい、あります。「期ずれ」とは、売上や仕入・経費などの計上時期が、本来属すべき事業年度と異なっている状態をいいます。故意でなくても指摘対象になることがありますので、決算月前後の取引処理には注意が必要です。
Q家族名義の口座まで調査されますか?
原則として調査対象は納税者本人または法人の取引です。もっとも、事業資金との関係が疑われる場合や資金移動の実態を確認する必要がある場合には、親族や関係者の口座の動きが問題になることがあります。中小企業や個人事業では、法人・個人・家族口座の資金移動が混在していると論点になりやすいため、説明可能な状態に整理しておくことが重要です。
Q調査官が高圧的で怖いのですが、普通のことですか?
調査官によって対応に差があることはあります。もっとも、税務調査は法令に基づく行政手続であり、威圧的な言動や不適切な誘導が許されるものではありません。不安を感じる場合には、やり取りを整理する・その場で不用意に同意しない・代理人や立会人を入れる、といった方法が有効です。
Q調査で虚偽の説明をするとどうなりますか?
故意に虚偽説明をしたり、資料を改ざん・隠匿したりすると、重加算税の対象となる可能性があります(国税通則法第68条)。さらに悪質な場合には刑事責任が問題となることもあります。事実を整理し、必要な範囲で正確に説明することが何より重要です。
04調査後・修正申告・不服申立て
Q税務調査を受けるとペナルティは必ず発生しますか?
いいえ、必ず発生するわけではありません。帳簿や申告内容に問題がなければ、結果として是認(指摘なし)となることもあります。ただし、軽微な処理誤りであっても説明不足や資料不足により問題が大きく見えることはありますので、適切な準備は重要です。
Q修正申告や追徴課税が発生した場合、減額は可能ですか?
事案によっては、指摘内容や加算税の適用について検討の余地がある場合があります。事実認定に争いがある場合、法令解釈に争いがある場合、税務署の計算過程に誤りがある場合、加算税の要件該当性に疑義がある場合などです。常に減額できるわけではなく、事実関係と法的根拠に基づいて慎重に検討する必要があります。
Q「重加算税」が課された場合、どうなりますか?
重加算税は、仮装または隠ぺいにより過少申告や無申告があった場合に課される加算税です(国税通則法第68条)。意図的な帳簿改ざん・売上除外・架空経費計上などが問題となる場合に適用が検討されます。負担が重いため、事実関係や証拠、税務署の認定内容を慎重に検討する必要があります。
Q修正申告書への署名を求められた場合、どうすればよいですか?
修正申告書への署名・提出は、内容を受け入れる行為です。内容を十分理解しないまま署名することは避けるべきです。どの取引がどう修正されるのか、税額がどう変わるのか、加算税や延滞税がどうなるのかを確認した上で判断する必要があります。
Q修正申告をしたくありません。拒否できますか?
はい、税務署の指摘に納得できない場合には、修正申告をしないという選択は可能です。その場合、税務署は職権で更正処分を行うことがあります。「修正申告をするか」「更正処分を受けて争うか」は、事実関係・法的見解・金額・証拠関係などを踏まえて慎重に判断する必要があります。
Q調査結果に納得できない場合、不服申立ては可能ですか?
はい、可能です。更正処分などに不服がある場合には、国税通則法第75条に基づき、審査請求を行うことができます。現行制度では、審査請求が原則的な不服申立て手続です。その後、必要に応じて税務訴訟へ進むこともあります。
Q調査後の社内体制はどのように見直せばよいですか?
調査結果を踏まえて次の点を見直すことをお勧めします。
  • 次年度以降の税務リスク管理計画策定
  • 帳簿作成・証憑保存フローの改善
  • 原価計算・費用配賦ルールの社内マニュアル化
  • 税理士・経理担当者向け研修の実施
当事務所では調査後の体制整備もサポートいたします。
05ご相談・依頼について
Q税務署に怒られるのが怖くて対応を先延ばしにしています。
税務調査は申告内容を確認するための行政手続であり、必ずしも違反を前提としたものではありません。先延ばしにするほど対応が難しくなることもありますので、通知を受けた段階で早めに整理を始めることが重要です。専門家が関与することで、事実関係を整理し、必要な説明を適切に行いやすくなります。
Qすでに税務署から通知が来ています。今からでも対応できますか?
はい、通知後からでも対応可能です。連絡を受けた直後は、調査対象期間・税目・想定される論点を整理しやすい重要なタイミングです。早い段階でご相談いただくことで、帳簿・証憑の確認、資金の流れの整理、想定質問への準備、税務署との日程調整などを行うことができます。
Q帳簿に自信がありません。調査前に確認してもらえますか?
はい、可能です。当事務所では、簡易リハーサルとして帳簿と証憑の整合確認、調査で聞かれやすい事項の整理、必要資料の準備支援、想定問答の確認などを行っています。
Q税務署と直接話すのが不安です。代わりに対応してもらえますか?
はい、税理士は税理士法第2条に基づき、税務代理を行うことができます。税務代理権限証書を提出することで、税理士が納税者の代理人として税務署とのやり取りを行うことが可能です。事実関係そのものについては納税者本人の説明が必要になる場面もありますが、専門家が横について整理しながら進めることで、対応の負担を軽減できます。
Q過去に確定申告していない年があります。今からでも対策可能ですか?
はい、可能です。無申告の状態であっても、早期に状況を整理し自主的に申告・是正を行うことで、リスク軽減につながる場合があります。税務署が更正等を行える期間は、原則として5年、偽りその他不正がある場合には7年とされます。
Q個人事業主でも相談できますか?
はい、もちろん可能です。税務調査は法人だけでなく、個人事業主やフリーランスにも行われます。特に、売上管理・現金取引・家事関連費・消費税・外注費や交際費などが論点になりやすい傾向があります。個人事業の場合は私費と事業費の区分が問題になりやすいため、早めの整理が重要です。
06税務顧問・その他サービス
Q税務調査の相談はいつするのがよいですか?
最も望ましいのは、税務署から連絡を受けた直後です。この段階でご相談いただくことで、何を準備すべきか・どこが論点になりそうか・どの資料を整えるべきかを事前に整理できます。また、通知が来る前であっても、帳簿や申告内容に不安がある場合には平時の段階でご確認いただくことをお勧めします。
Q税務顧問として継続的にサポートしてもらえますか?
はい、対応しております。月次顧問・記帳代行・巡回訪問の3プランをご用意しており、年間売上規模に応じた月額報酬で対応しています。Chatworkによる質問対応、マネーフォワードの活用支援なども含まれます。詳しくは報酬額表ページをご覧ください。
Q行政書士業務(許認可・ビザ申請)も対応していますか?
はい、行政書士資格(申請取次資格あり)を保有しており、税務だけでなく各種許認可申請・ビザ申請等にも対応可能です。税務・行政両面からワンストップでサポートできます。
Q経営革新等支援機関として何をサポートできますか?
認定経営革新等支援機関として、経営改善計画の策定やものづくり補助金・事業再構築補助金の申請支援にも対応しています。税務を超えた経営パートナーとして、資金計画・経営構造の分析なども行います。
07料金・費用について
Q税務調査の対応にはどのくらいの費用がかかりますか?
当事務所では以下の料金体系を採用しております(すべて税抜)。
  • 初回相談(30分以内):無料
  • 調査立会い基本報酬:150,000円(事前確認0.5日・初日1日・事後調整0.5日含む)
  • 追加立会・事後折衝(0.5日あたり):35,000円
  • 修正申告書作成(法人税1期):100,000円
  • 修正申告書作成(所得税1年):90,000円
詳しくは報酬額表ページをご覧ください。
Q初回相談は本当に無料ですか?
はい、初回相談(30分以内)は完全無料です。電話またはオンライン(Zoom等)にて承ります。初回相談のみのご利用でも問題ございません。守秘義務を厳守いたします。
Q遠方でも対応してもらえますか?
基本的にはJR山手線五反田駅より公共交通機関を利用して2時間以内のエリアを対象としています。それ以上の距離、または国税局管轄の大規模法人については別途お見積りとなります。事前資料確認はリモート対応も可能です。

まずは無料相談から

初回相談(約30分)は無料です。通知を受けた直後のご連絡をお勧めします。
ご相談内容は守秘義務の範囲内で厳重に管理いたします。